El santuario pontificio de Marthoma es un centro de peregrinación importante incluido en el proyecto para el patrimonio de Muziris. La iglesia, también conocida como santuario pontificio de Marthoma, se encuentra a orillas del río Periyar y a unos 6 km de Kodungallur, en la villa de Azhikode, Kerala. Se cree que Santo Tomás, Apóstol desembarcó en Kodungallur el 21 de noviembre del año 52 d.C. Se cree que fundó siete iglesias en Kerala, la primera de las cuales estaría en la propia Kodungallur. La reliquia de un hueso del brazo derecho de Santo Tomás fue traída de Ortona (Italia) y llevada a este santuario pontificio. A partir de entonces, el santuario de Azhikode ha sido un gran centro de peregrinación que atrae a miles de personas de todo el mundo de todas las castas y credos.
Marthoma Smruthi Tharangam, que deriva del sánscrito y significa "la creación de las olas de la memoria en relación a Santo Tomás", se encuentra junto al santuario y ofrece una presentación conmemorativa de la misión del Apóstol. Una mansión de 325 metros cuadrados construida en estilo indo-persa presenta los principales episodios de la vida de Santo Tomás. Este programa de 30 minutos de duración utiliza la ayuda de tecnologías informáticas modernas y efectos teatrales audiovisuales.